鄂尔多斯市中心医院
始建于1950年的鄂尔多斯市中心医院是集医疗、教学、科研于一体的大型三级甲等综合医院，是内蒙古医科大学临床医学院，也是美国杰斐逊超声医学研究所超声医学教育中心，成立了中国内蒙古超声医学研究所
鄂尔多斯第二人民医院
鄂尔多斯市第二人民医院始建于1990年。在市委、市政府、市卫生局的支持、关怀下，历经二十个寒暑春秋，二医院已发展成为全市唯一一家集医疗、科研、教学、预防、保健、康复于一体的传染病专科医院
鄂尔多斯第三人民医院
市第三人民医院位于鄂尔多斯空港物流园区，是市人民政府与海军总医院合作共建，集特色医疗、教学科研、预防保健、康复医学为一体的现代化综合性公立医院
杭锦旗人民医院
杭锦旗人民医院始建于1952年，是全旗唯五的一所综合性全民所有制医院.地处锡尼镇百灵路，是全旗13万人民医疗服务中心，现有病床120张，有职工163人，其中在岗人员131人，其中副主任医师6名，主治主管医、药，技、护师51人